国内菌群移植技术比较好的医院有很多，其中上海交通大学医学院附属仁济医院和北京协和医院是比较知名的两家医院。

　　上海交通大学医学院附属仁济医院是上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质量控制中心等，拥有国家重点学科和国家临床重点专科。北京协和医院是成立最早的专科之一，科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。

　　此外，北京301医院与富玛特生物科技有限公司合作，目前在全国范围内合作的医院、健康机构超500家。

　　总的来说，如果需要进行菌群移植，可以选择去国内的大型公立医院，具体哪个医院的技术更好需要根据所在地区和具体需求进行选择。

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