北京有多家医院提供菌群移植服务，包括：

　　北京协和医院：该医院消化内科是成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科，科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。

　　北京大学人民医院：该医院设有消化科，提供菌群移植相关的医疗服务。

　　北京301医院

　　北京天坛医院

　　北京六院

　　北京儿童医院

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